Program S1 dilaksanakan secara reguler (kelas pagi) dan juga secara intensif (blok teaching). Adapun program studi yang ada di STT Misia adalah sebagai berikut:
- Prodi Teologi (S1) dengan konsentrasi Ilmu Teologi. Prodi ini diadakan dengan tujuan untuk mencetak pemimpin gereja sebagai gembala sidang yang akan melayani gereja secara penuh waktu. Gelar yang akan diberikan kepada penamat adalah Sarjana Teologi (S.Th).